生物工程类制药废水主要来源于生产工艺、实验室、实验动物等过程中产生的废水。生产工艺废水主要包括微生物发酵、提取纯化工序所产生的废液或残液、发酵排气的冷凝水、可能含有设备泄漏物的冷却水、清洗生产设备以用具的废水等；实验室废水主要包括实验室废弃的含有致病菌的培养物、洗涤水和料液，带有各种传染性材料的废水、血液样品以及其他诊断检测样品，含有的生物危害的废水等；实验动物废水主要包括动物的血液、尿液、粪便以及养实验动物所用设备材料的清洗废水和消毒水等。生物工程类制药废水主要有以下几个特点：
（1）生产工艺废水是生物工程类制药废水的主要污染源，废水所占比例比较少，但是COD值较高；
（2）实验室废水中含有有毒有害物质，其中的化验废水所占比例较大，因此实验室废水污染物浓度比生产工艺废水低；
（3）实验动物废水的污染物浓度一般较低，主要污染物为COD、SS等。
1、废水来源点比较多，成分复杂，水质水量波动比较大。
2、对于带菌且未灭活的废水，需要先进行灭菌处理。
3、废水的可生化性一般较好，但部分废水中悬浮物浓度较高的，且含有抑制生物新陈代谢的物质较多，需要增加预处理，提高废水的可生化性。
4、废水的特征污染因子比较多，例如甲醛、挥发酚、总余氯等，是微生物难以降解的物质，甚至对微生物有抑制作用。
目前，生物工程类制药废水的常用处理方法主要有物化法、生化法以及物化法+生化法联用等；废水中可能有泄露的活性菌种存在，需要考虑在生化处理后增加消毒工艺，具体处理工艺需要根据废水的水质水量以及企业自身情况来确定。
生物工程类制药废水中的发酵类废水的污染物浓度较高，且水量较少，一般是作为危险废物委托有资质单位处理，当然，该废水也可以将一定比例的废水与其他低浓度废水混合后进行处理。
废水的悬浮物浓度较高的，且含有微生物难以降解物质或对微生物有抑制作用的物质，需要进行预处理，可以采用混凝沉淀法或气浮法，通过投加药剂与搅拌，使废水和药剂充分反应，达到去除污染物和悬浮物以及改善废水可生化性的目的；废水再进行生化处理，生化处理可采用厌氧+好氧法或者水解酸化+好氧法，厌氧工艺和水解酸化工艺对较难生化降解的物质有较强的承受力，而且具有有机负荷高、污泥产率低、能直接处理较高浓度的废水等特点，经过厌氧工艺或水解酸化工艺处理的废水一般还达不到排放标准，需要采用好氧法进一步处理达标，而好氧生化处理可采用活性污泥法、生物接触氧化法、SBR法等。
