中成药废水来源于前处理车间洗药、泡药废水，提取车间煎煮废水、分离车间的残渣、浓缩，制剂车间废水、车间蒸汽的冷凝水、车间清洗废水等。
中成药生产具有品种多、生产周期长短不一的特点，因此，废水水量和水质也随之变化，且带有颜色和气味；
废水中悬浮物含量高，主要为动植物碎片、微细颗粒及胶体；
中成药废水B/C比值大约在0.5左右，其生化性较好，有利于生物处理；
生产过程中酸或碱的处理，造成废水pH值波动较大；若采用煮炼或熬制生产工艺，排放的废水温度较高。
中成药生产是间歇性排放污水，浓度较高的污水主要来自设备清洗，每个工序完成后需进行清洗，清洗时间不稳定，其进水的稳定程度会影响生化处理去除COD的效果，因此需对生化进水的水质水量进行控制；
对污染物浓度较高的中成药废水，直接采取好氧或厌氧工艺处理，很难达到预期的处理效果，需经过预处理，降低废水中大分子污染物的含量，且能将大分子污染物降解成小分子物质，有利于后续的生物处理，必要时应采用物化后续处理。
选择合理的中成药废水处理工艺及方法，决定了前期的基建成本、后期的运行维护以及处理系统的稳定和出水效果。实践证明，采用生物处理技术消除有机污染物是制药废水处理中较为经济的处理方法，但由于制药废水中含有一定的毒性、污染物浓度高，对生物处理中的“主力军”—微生物有着极大的威胁，因此为了保证生物处理的效果，在进行生物处理前可采用预处理或组合预处理工艺，降低废水进生化处理的浓度，提高废水的可生化性，为生物处理做好保障。
预处理
对于中成药废水的预处理工艺中，可采用混凝沉淀方式，通过向废水中投加混凝剂、絮凝剂，废水中不溶性污染物及悬浮颗粒物会被吸附，在中和为力之间电荷的作用，从而进行絮凝并在重力的作用下沉降至池底，达到去除悬浮污染物的目的，避免对后续处理中设备的损坏。
生化处理
预处理段主要去除悬浮颗粒物，但其中还有其他有机污染物存在，即其COD含量还是很高，大部分的溶解性有机污染物在预处理段难以被去除，需通过生化处理方式将其去除。
预处理后的废水可进入水解酸化池中，利用水解菌、酸化菌将水中不溶性有机物水解为溶解性有机物，将难生物降解的大分子物质转化为易生物降解的小分子物质，从而提高废水的可生化性。经过水解酸化后的污水，进行厌氧处理。由广州漓源环保技术有限公司自主研发的一款厌氧反应器，即具备传统厌氧反应器的基本原理、又具备创新性，可以提高污泥拦截能力、且布水均匀，使得反应器处理效率得到提升，厌氧后剩余污泥量少，以较低的运行成本达到较大的处理效果。利用厌氧微生物将污水中的大部分有机物分解成二氧化碳和甲烷。经厌氧处理后加好氧继续处理，生物接触氧化法，是一种以生物膜法为主，兼有活性污泥法的好氧处理工艺，通过鼓风机提供氧源，使废水中的有机物与池内生物膜充分接触，经生物吸附、降解作用，既降解厌氧后残留的小分子有机物，还能将氨氮转化成硝态氮，去除氨氮。从而使水质得到净化。经处理后的废水达标即可排放。污泥通过污泥池浓缩后进压滤机脱水，脱水后的污泥交至有资质单位进行处理。
