保健品废水主要来源于清洗工段的洗药、洗瓶废水，蒸煮浓缩工段的提取废水、洗涤排水、冷却排水及车间地面清洗水，该污水中含有大量的蛋白与动物脂肪等污染物。
废水大部分来自车间蒸煮浓缩工段生产废水，受生产线影响，水质水量随之波动；
废水中主要含有糖类、有机酸、蛋白质、淀粉及其水解产物的有机污染物，其生物链较长，大都为大分子物质，若只采用物化处理，处理效果难以达标；
工艺生产过程中产生的废水还可能带有一定的色度及气味。
保健品废水属于高浓度无毒有害的有机废水，废水可生化性较好，易被微生物降解，因此，采用生化处理该废水在效果和经济性相结合，是性价比较高的处理方式；
保健品废水的预处理中采用水解酸化工艺，一方面能将水中的非溶解态有机物转变为溶解态有机物，打开大分子物质的生物链，一方面是为后续的生化处理做准备。
在保健品废水处理过程中对含悬浮物较高的废水可先通过格栅隔除颗粒较大的悬浮物后再通过调节池或集水池对废水的水质水量进行调节，避免对后续处理造成影响，水量较少时也可作为储蓄池，收集生产后无法直接排放的工艺废水。
由于保健品废水的可生化性较好，通过水解酸化调节、絮凝沉淀或气浮的方式对废水做生化前的预处理，一方面是将水中大分子物质分解或降解成小分子物质，有利于微生物对其“吸附”，同时也提高了废水的可生化性，使废水处理能达标。
废水自预处理后通过泵抽入厌氧池，在厌氧反应池中，利用颗粒污泥的高效降解作用，将废水中的大部分有机物分解成二氧化碳和甲烷，去除大部分的有机污染物，降低后续的好氧处理的有机负荷。废水经处理后达标即可排放。
