发酵类制药废水主要来源于主工艺生产过程中的滤液、母液、溶剂回收残留液等及其他处理中产生的冷却水、水环真空设备排水、蒸馏设备冷凝水等，除此之外，还有些浓度低的车间清洗水如设备冲洗水、地面冲洗水等。
发酵类制药废水的生产出水点较多，且不同工段锁产废水的污染物含量不尽相同；发酵过程中需控制发酵的C/N比值，导致产生的废水中微生物营养元素不足；
发酵类制药废水中污染物浓度较高的是工艺生产过程中残留液，其浓度高、酸碱性大，大多数情况下还可能残留有药物残渣，COD占比高；
废水中悬浮物浓度高，抗生素废水中SS主要为发酵的残余培养基质和发酵的微生物丝菌体；
发酵类制药废水中含有中间代谢产物、表面活性剂和提取分离中残留的高浓度酸碱、有机溶剂等原料，成分复杂，废水PH值波动大，影响生化处理效果。
发酵类制药废水中高浓度废水间歇性排放，其酸碱性及温度变化大，需设置较大的收集系统做收集调节；
废水中COD含量高，有时能达万级以上，主要为发酵残余基质及营养物、溶剂提取过程的萃取余液、蒸馏釜残液、离子交换过程中排出的吸附废液、发酵过滤液及染菌倒罐废液等。需进行稀释预处理或采用合适的预处理对其进行处理，避免对后续生化处理造成大影响，从而使废水处理不达标。
废水中还含有微生物难以降解甚至对微生物有抑制作用的物质，需采用预处理方式降解其浓度，减少对微生物的破坏。
国内有关调研表明，发酵类制药废水的污染物主要为常规污染物即COD、BOD、 SS、 pH、色度和氨氮等。处理方法主要包括物化处理方法、好氧生化处理方法、厌氧生化处理方法及其组合处理等，近年来对发酵类制药废水的治理，主要采用预处理—厌氧（或水解酸化）—好氧组合生化处理，即高浓度废水先经预处理、厌氧生化处理，出水再与低浓度废水混合进行好氧生化处理；或者高浓度废水先与其他废水混合，然后采用预处理、好氧生化处理。
预处理中采用气浮法能有效去除废水中的悬浮物、改善废水的可生化性，其工作原理主要是通过向水中注入或通过电解的方法产生大量的微气泡，使其与废水中密度接近于水的固体或液体污染物微粒黏附，形成密度小于水的气浮体，在浮力的作用下上浮至水面形成浮渣，进行固液或液液分离。具有投资少、能耗低、工艺简单的优点，但不能去除废水中的有机物，有机物需经后续的“厌氧（或水解酸化）—好氧”组合生化处理。厌氧好氧工艺组合处理的处理效果好，若预处理效果好的废水，其生化处理去除率能高达80%-90%，对红霉素、四环素、等处理有着显著效果。
