化学制药废水主要来源五大方面：工艺生产废水：如各类结晶母液、吸附残留液、转向母液等；设备和材料的洗涤废水：如冲洗废水，如过滤机、反应器、催化剂载体、离子树脂等；地面、器具等地面洗刷废水等；回收残留液：溶剂回收残留液、副产物回收残留液等；辅助过程废水：循环水、密封水、溢出水等及厂区生活废水。
化学制药废水由于合成产物生产流程长，反应过程复杂，相应副产物多，反应原料常为溶剂类物质或环状结构的高分子有机化合物，致使废水中的污染物成分复杂；生产过程中使用的大量化学原料随生产废水排放，导致废水污染物含量极高；其中直接更换母液以及化学合成反应不完全而产生的大量副产物或生产过程中使用的辅助原料溶剂、溶质进入废水系统，致使COD值也很高； 废水中存在对微生物有毒有害的物质，如硝基化合物、有机氮化合物、卤素化合物、芳香烃类化合物以及具有杀菌作用的阴离子表面活性剂或分散剂等，会对生化处理的微生物有一定的危害，生物可降解性差。 废水色度高，由于废水中含有某些特定的污染物质致使废水色度较高，同时，有色废水阻碍光线在废水中通行，从而抑制水生生物的生长。
废水排放受生产状况、循环水更换频率影响，无规律性、无周期性的影响，废水的浓度高、可生化性差，对生物降解速率也造成了一定的影响，同时废水中的部分有机污染物不易被生物降解，导致废水处理的难度大，因此在设计和建造一套可行的化学制药废水废水处理工程前，漓源环保会对废水进行取样化验，根据化验结果制定“一对一”的方案，而后再进行废水处理设备和工程的设计、实施。
化学制药废水根据各生产工艺, 废水种类多, 性质各不一样,如果各种有特点的废水不经过合适的预处理手段, 混合后经过生化处理, 达标的难度非常大，因此，选择合适的预处理方式对不同性质的化学制药废水进行有针对性的预处理显得非常有必要，且是出水能否达标的重要因素之一。
前期处理
废水经过调节池调节水量水质后，进入前期处理阶段，预处理可用化学氧化法、铁碳微电解法，臭氧催化氧化等；可对废水中大分子、环状有机物起到开环断链的作用，改变水质成分，去除废水中的毒害物质，大大提高废水的可生化性，为生化处理做准备。
生化处理
预处理段主要去除不溶性污染物，将大分子生物链打开，其中的COD含量还是很高，大部分的溶解性污染物在预处理段难以被去除，因此废水还含有不溶性有机污染物，其处理工艺以生物法为主，采用生化处理，具有基建成本低，投资效益高等特点。
生物处理主体工艺多以“厌氧+好氧”的组合工艺为主，厌氧的作用是将废水中的有机物通过微生物代谢分解，转化为甲烷、二氧化碳，实现去除有机物的目的。经过厌氧反应，不仅使CODcr显著降低，而且BOD5/CODcr值得到显著提高，降低后续处理工艺负荷，有利于后续反应的进行。我司在传统厌氧反应器的基础上开发了多种厌氧反应器，提高了污泥拦截能力、布水均匀，使得反应器处理效率得到提升，厌氧后剩余污泥量少、性质稳定，可去除80～95%的有机污染物。
厌氧后端再配合好氧工艺低负荷处理确保出水有机物达标。好氧段可采用活性污泥法或生物膜法两类，主要是在有氧条件下，降解厌氧后残留的小分子有机物，并将氨氮转化成硝态氮，去除氨氮。
深度处理
若化学制药废水采用上述步骤仍然难以达标，则需再进行深度处理，才能确保废水稳定达标排放，常用的深度处理工艺有湿式催化氧化，臭氧催化氧化，FENTON催化氧化等，或反渗透等膜过滤等处理方法做进一步处理，达标后方可排放。
